植物资源
南京是中国现代植物资源丰富、植物种类繁多的地区之一，林木覆盖率31.3%，建成区绿化覆盖率45.16%，位居中国前三甲，是中国四大园林城市，有“绿都”之称。自然植被有针叶林、落叶阔叶林、落叶与常绿阔叶混交林、竹林、灌丛、草丛和水生植被7种类型，栽培植被有大田作物、蔬菜作物、经济林、果园和绿化地带5种类型。植物种类有维管束植物种，占江苏省的64.7%；秤锤树、中华水韭、明*参、青檀等7种为国家重点保护珍稀濒危植物。
动物资源
野生动物中，有昆虫种，隶属于11目科；鱼类99种，隶属于12目22科；陆栖野生脊椎动物种，隶属于29目90科；鸟类种，隶属于17目56科；兽类47种，隶属于8目22科。在所有动物种类中，国家一级保护野生动物9种，有东方白鹤、白肩雕、达氏鲟等；二级野生保护动物65种，有江豚、小天鹅、中华虎凤蝶等；江苏省重点保护动物种，濒危动物35种。
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